Основната дејност на Агенцијата за квалитет и акредитација на здравствени установи се состои од вршење на стручни и развојни работи поврзани со постапката на акредитација и постојано унапредување на квалитет на здравствена заштита како што се: развивање на стандарди за акредитација, проценка на квалитетот на работење на здравствените установи (акредитација), издавање на сертификати на акредитирани здравствени установи и нивна евиденција.

Во своето работење, агенцијата клучниот фокус го насочува кон сестрано унапредување на квалитет и безбедност на пружање на здравствена заштита, со помош на претходно утврдени механизми за евалуација на квалитет и акредитација во здравството. Како клучен чинител во здравствениот систем, напорите на Агенцијата се постојано ориентирани кон промоција на димензијата на квалитет и акредитација со цел чекорење со постоечките современи трендови.